- 徐轶舟;王卓;
基于全基因组规模代谢模型的模拟分析已被成功应用于探索包括癌症在内的多种疾病的发生机制,通过模拟基因敲除对肿瘤细胞生长的影响,鉴别关键代谢重编程节点。通过分析肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)不同于正常肝细胞的代谢差异,发现AKG能够调节肿瘤生长,是潜在的抗癌药物靶点;而TECR在HCC细胞中的重要性降低使其成为潜在的抗肿瘤位点。HCC肝癌细胞在胆固醇合成通路上存在代谢重编程:DHCR24和HMGCS2基因的缺失可以帮助肿瘤细胞避免正常凋亡,而IDI2基因的存在能够增强肿瘤细胞增殖、迁移能力;胆碱代谢物可以影响脂肪酸合成通路从而促进炎症反应来加速癌症发展的进程。
2021年01期 v.38;No.219 8-13页 [查看摘要][在线阅读][下载 2674K] [下载次数：74 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ] - 魏迪洋;闫利明;李巍然;贾绮林;
利用X射线衍射晶体学方法解析IRF6蛋白的三维结构,同时验证IRF6对干扰素-β的转录调控作用,为IRF6蛋白的结构生物学研究提供基础。研究利用高通量基因克隆、蛋白表达与纯化获得大量的IRF6 N端蛋白结构域可溶性表达。凝胶迁移试验(EMSA)结果显示,IRF6 N端结构域可与干扰素-β启动子核酸片段形成蛋白-核酸复合体,具有明确的相互作用。将孵育后的蛋白-核酸复合体进行悬滴气相扩散法晶体筛选与优化后获得了X射线衍射分辨率达2.68?的晶体,为进一步揭示IRF6蛋白三维结构提供了帮助。验证了IRF6具有结合干扰素-β启动子元件特定片段的N端结构域,可调控干扰素-β的转录与表达,并通过IRF6 N端结构域与干扰素-β启动子核酸片段共同孵育后获得高分辨率蛋白晶体,以解析IRF6蛋白三维结构。研究结果对IRF6相关疾病机制研究及干扰素相关免疫通路的调控机制有重要意义。
2021年01期 v.38;No.219 14-17页 [查看摘要][在线阅读][下载 614K] [下载次数：61 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：10 ] - 吕俊杰;张一骅;邓贵;刘佳欣;吕正禹;任付宾;陈丽娜;
利用CGGA与TCGA数据库,挖掘胶质瘤预后标志相关基因,结合差异分析、生存分析、共表达分析、临床相关性分析和ROC曲线评估预测能力,并通过TCGA验证,得到PLAT、IGFBP2、BCAT1和SERPINH1等4个可以作为独立预后标志因子的基因。分析表明,这4个基因不仅是独立的预后因子,还在不同人群中都具有较好的预后预测能力,说明找到的预后基因具有潜在的应用价值。对SERPINH1剪接事件进行分析,揭示可变剪接事件是影响患者预后的重要因素,这为进一步理解胶质瘤预后基因的特征提供了依据。
2021年01期 v.38;No.219 18-22页 [查看摘要][在线阅读][下载 2080K] [下载次数：73 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：8 ] - 邹敏;李锐峰;陈岷;颜晓燕;史惠卿;
采用药物重定位(Drug repositioning,DR)策略预测多发性骨髓瘤的候选化合物,为多发性骨髓瘤的治疗提供新的思路和方向。利用GEO数据库检索并筛选多发性骨髓瘤表达谱芯片数据,GEO2R软件提取差异表达基因(DEGs);DAVID和Panther数据库对差异表达基因进行富集和通路分析;利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络分析;将差异表达基因导入CMAP连接图,计算获得治疗MM的候选化合物,进一步对候选化合物进行查找和分析。结果显示:共获得差异表达基因53个,包括上调差异表达基因10个、下调差异表达基因43个;GO分析结果表明生物学过程涉及22个功能簇,分子功能涉及5个功能簇,细胞成分涉及5个功能簇;KEGG分析涉及10条通路;蛋白-蛋白相互作用网络分析显示VCAM1、CCR2、CCL3和CXCL12等4个基因为富集程度最高的核心差异表达基因;通过CMAP连接图计算得到排名前20的候选化合物,其中LY-294002和Tanespimycin可能对MM有潜在治疗作用,但还有待深入试验研究和临床验证。
2021年01期 v.38;No.219 23-28页 [查看摘要][在线阅读][下载 1760K] [下载次数：14 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ] - 潘晓瑜;吕延成;宋其芳;韩晋辉;朱俊访;
为探讨单纯疱疹病毒-2型(Herpes simplex virus type 2,HSV-2)UL27、UL54基因的重组表达载体shRNA(small hairpin RNA,shRNA)联合干扰对HSV-2复制的影响,将重组质粒表达载体转染HEK293细胞,利用流式细胞术检测重组质粒转染HEK293的效率,实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time PCR)和蛋白免疫印迹(Western Blot)方法检测UL27、UL54基因及其蛋白的表达情况。此外,采用TICD_(50 )(50%tissue culture infective dose,TCID_(50))法和噻唑蓝(methyl thiazolyl terazolium, MTT)比色法检测病毒的滴度变化和HEK293细胞的存活率。结果检测显示:UL27 shRNA75+UL54shRNA1081联合干扰组的UL27、UL54基因mRNA的表达抑制率分别为(88.10±1.95)%和(85.53±2.28)%,gB蛋白、ICP27蛋白表达及子代病毒滴度均明显降低,HEK293细胞的存活率为(97.30±2.91)%,与单干扰组比较差异均有统计学意义(P<0.05)。说明UL27shRNA75和UL54 shRNA1081这两个靶点联合干扰能显著抑制HSV-2在HEK293细胞中复制,为今后的HSV-2多基因的治疗提供研究基础。
2021年01期 v.38;No.219 29-32页 [查看摘要][在线阅读][下载 560K] [下载次数：24 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：6 ] - 李亚琳;魏睿;史秀超;
为了研究胸腺肽Tα1对肿瘤细胞的生长抑制效应,试验检测了Tα1在体外对宫颈癌Hela细胞生长增殖的影响。不同浓度Tα1处理Hela细胞24 h或48 h,用显微镜观察Hela细胞生长的形态学变化, MTT法检测细胞死亡率。采用实时定量PCR以及Western Blot检测自噬相关因子lc3基因及其蛋白的表达,进一步了解细胞死亡的行为。结果表明,用不同浓度的Tα1处理Hela细胞,在10～30μg/mL浓度范围内,随着Tα1含量的增高,Hela细胞的死亡率明显增加,同时LC3的表达量也显著升高,且与药物剂量呈正相关。这些结果说明Tα1在一定剂量范围内,能够在体外通过自噬的方式诱导Hela细胞死亡。
2021年01期 v.38;No.219 33-35页 [查看摘要][在线阅读][下载 1127K] [下载次数：24 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：5 ] - 钟焱婷;杨虹;
为了筛选在口腔中性pH条件下仍能抑制具核梭杆菌生物膜形成的益生菌,用源于不同益生菌的pH 6.6无细胞发酵上清液(Cell-free supernatant,CFS)处理具核梭杆菌,通过结晶紫半定量法测试其抑制具核梭杆菌生物膜形成的能力,从而筛选出一株抑制效果突出的植物乳杆菌UD01。微量倍比稀释法测定UD01CFS(pH 6.6)对具核梭杆菌生物膜形成的最低抑制浓度(The minimum biofilm inhibition concentration,MBIC)为250μL/mL。扫描电镜和激光共聚焦显微镜结果显示:UD01 CFS(pH 6.6)处理下具核梭杆菌生物膜结构疏松、厚度变薄。生长曲线、外膜黏附相关基因表达以及胞外聚合物(Extracellular polymeric substances,EPSs)含量变化表明,UD01 CFS(pH 6.6)并不能抑制具核梭杆菌生长,其可能的作用机制是通过下调黏附相关外膜蛋白基因的表达、减少胞外蛋白和多糖的分泌,从而降低具核梭杆菌黏附能力,最终达到抑制生物膜形成的目的。
2021年01期 v.38;No.219 36-40页 [查看摘要][在线阅读][下载 1536K] [下载次数：17 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：10 ] - 王珏;胡丽丽;张育敏;吴娜;李睿;
研究结合理性设计和定向进化技术,通过2轮易错PCR、2次定点突变和4轮定点饱和突变提高米黑霉脂肪酶(Rhizomucor miehei Lipase,RML)的热稳定性,共得到9株理想的脂肪酶突变体,在经70℃热处理2 h后,均能保留对甘油三酯的水解活性。以M9(D48V/V67A/S168P/S240A/S311C/D313H)的热稳定性最佳,热处理后保留活性可达(1 316±31)U/mg,这一数据是野生型RML常温水解活性的5.2倍(野生型RML经热处理后完全失活)。经测序分析,突变位点D48V和V67A位于目的基因前导肽上,S168P、S240A、S311C和D313H位于目的基因成熟区,且对前导肽上的两个突变点进行饱和突变后,突变体的热稳定性会发生改变,说明前导肽的突变会影响RML全基因的热稳定性,因此,RML热稳定性得以提高是源于其前导肽和成熟区的共进化作用。
2021年01期 v.38;No.219 41-45页 [查看摘要][在线阅读][下载 1632K] [下载次数：70 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ] - 林晓霞;鹿炎;李会丽;周苹;郭新红;印丽萍;
采集了中国6个省份的铁皮石斛种质资源共22份,通过叶绿体基因matK和rbcL进行克隆测序,同时结合已报道的近缘物种matK序列33个和rbcL序列30个进行系统进化分析及分子鉴定。序列结果显示:matK基因序列平均长度为1 708 bp,GC含量32%,保守位点768个,简约信息位点871个;rbcL基因序列平均长度1 332 bp,GC含量42.9%,保守位点802个,简约信息位点24个。遗传多样性分析表明:matK序列单倍型数量(H)32个,单倍型多态性水平(Hd) 0.842,核苷酸多态性(π) 0.270 16;rbcL序列H为10个,Hd为0.664,π为0.026 11;序列分析及遗传多样性显示matK序列的分析结果具有更大的遗传多样性。遗传聚类结果显示不同产地的铁皮石斛与已有报道的石斛属各聚一支,相同产地铁皮石斛的聚类结果也与其地理分布基本一致。matK序列作为石斛属系统进化关系及亲缘关系分析具有更高的遗传多样性;中国6个省份铁皮石斛种质资源在进化上也具有一定的地域性特征。
2021年01期 v.38;No.219 46-50页 [查看摘要][在线阅读][下载 2853K] [下载次数：92 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：5 ] - 敖智广;韦乐华;杨蕾;李栋;李建斌;宋良科;廖海;茆灿泉;
使用DNA条形码分子鉴定技术,对湖北后河国家级自然保护区野生黄连物种进行分子鉴定,为保护区黄连的种质资源保护及潜在开发利用提供前期工作基础。共收集湖北后河、四川峨眉等不同产地的黄连植株及其近缘物种12份,对其进行DNA提取,PCR扩增和测序;对实验样本和GenBank下载的序列进行多序列比对、BLAST分析和NJ系统发育树构建。共获得黄连及其近缘物种ITS2序列82条、psbA-TrnH序列24条。不同种属黄连分别聚类。其中,黄连、短萼黄连种内平均K2P遗传距离分别为0.017和0.008,黄连属间为0.051。结合形态学鉴定和中药材DNA条形码技术,不同种属的黄连可以很好地区分。成功鉴定湖北后河国家级自然保护区野生黄连物种为短萼黄连(Coptischinensis var.brevisepala),其ITS2、psbA-TrnH序列长度分别为200 bp和258 bp。
2021年01期 v.38;No.219 51-55页 [查看摘要][在线阅读][下载 4043K] [下载次数：6 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：10 ] - 李龙梅;牛俊美;苏雨萌;铁英;张波;尚晓蕊;王瑞刚;
采用室外实验和室内分析相结合的方法,分析乳苣(Mulgediumtararicum)全草氨基酸含量及粗蛋白含量,评价其营养及食用价值。结果表明:乳苣全草其幼苗期的粗蛋白含量最高,且大部分集中在叶片中,占整株的23.27%～55.60%;随着乳苣的逐渐生长,根、茎和叶的氨基酸含量呈降低趋势;乳苣根和茎的17种氨基酸呈显著的正相关关系。综合分析表明,乳苣含有丰富的氨基酸种类,是一种优质牧草。乳苣的地上部分(根和茎)氨基酸含量高于根,开花期干重最大,因此推荐乳苣开花期作为家畜的最佳使用阶段。分析不同生长阶段乳苣及其不同器官中氨基酸和粗蛋白含量,对评价乳苣在食用方面以及其他方面的应用具有重要意义及参考价值。
2021年01期 v.38;No.219 56-60页 [查看摘要][在线阅读][下载 3660K] [下载次数：51 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ] - 孙长花;于智勇;丁娟芳;刘妮婷;
采用牛津杯法研究丁香提取物的抑菌作用,对提取工艺进行优化,并探讨提取物的最小抑菌浓度和抑菌稳定性影响因素。结果表明,用体积分数85%的乙醇提取,料液比为1∶10,提取温度80℃,超声波提取80 min时,获得的丁香提取物对常见细菌均具有较好的抑菌效果。其中丁香提取物对表皮葡萄球菌的抑菌效果最好,最小抑菌浓度为0.053 1 g/mL,对枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的最小抑菌浓度为0.106 3 g/mL。丁香提取物对紫外线有很强的稳定性,对热稳定性较好,大多数金属离子对其抑菌效果也无明显作用,在弱酸性及中性环境下的抑菌稳定性很好,但是对强酸和碱敏感。因此,丁香提取物可运用于食品的防腐保鲜,并且适应多种加工条件。
2021年01期 v.38;No.219 61-65页 [查看摘要][在线阅读][下载 851K] [下载次数：39 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：8 ] - 邱伟建;耿梦蝶;钱程远;郭赟;魏超;成小英;黄晓峰;
为研究不同形态氮素NO~-_3-N和NH~+_4-N在镉(Cd)胁迫下植物生长发育的影响机制,以多年生植物菹草(石芽)为试验材料,就不同形态氮处理后菹草在Cd胁迫下的可溶性蛋白、MDA、H_2O_2、O■、SOD、POD、CAT的含量进行测定分析。结果显示:添加Cd后,菹草根茎叶明显受到胁迫,NH~+_4-N和NO~-_3-N均缓解了Cd对菹草的胁迫,同时,相比于NH~+_4-N+Cd组,NO~-_3-N+Cd组的O■、H_2O_2及MDA含量较低,且SOD、POD和CAT的活性也相对较低,NO~-_3-N更好地缓解了Cd对菹草的胁迫。通过比较菹草不同器官的抗氧化系统酶活性,对Cd胁迫的敏感程度顺序依次为根>叶>茎。
2021年01期 v.38;No.219 66-71页 [查看摘要][在线阅读][下载 3697K] [下载次数：20 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ] - 苟体忠;宋伟;严红光;
为筛选生长在污染区对重金属有富集潜力的植物,采用电感耦合等离子质谱仪和原子荧光光谱仪测定丹寨汞(金)矿区11种本土植物及其土壤中的As、Hg、Se、Cr、Ni、Cu、Zn、Cd和Pb的含量,并采用单项污染指数法(PI)、生物富集系数(BCF)和生物转移系数(BTF)评价土壤重金属污染程度、植物对重金属的富集能力和转运能力。PI的结果表明,土壤中As、Hg和Se重度污染,Zn和Pb轻度污染,其他重金属无污染。根据BCF和BTF的分析结果,可将11种本地植物分为3类:蜈蚣草为As超富集植物,龙葵为Cd富集型植物,钻叶紫菀为Cu、Zn富集型植物;钻叶紫菀是Se根部囤积型植物,金丝草是As和Cr根部囤积型植物;苍耳、假酸浆、鬼针草、芒、商陆、藜和苎麻为规避型植物。
2021年01期 v.38;No.219 72-76页 [查看摘要][在线阅读][下载 423K] [下载次数：120 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：10 ] - 尹雅洁;张宗杰;夏险;汪劲松;梁运祥;胡远亮;
通过喷施分子量浓度为2 000～3 000壳寡糖溶液,分别研究低温、干旱和盐胁迫条件对水稻幼苗生长及抗逆性的影响。水稻幼苗分成1个正常对照组和8个处理组,其中,处理组分别喷施0、5、12.5、25、50、125、250和500 mg/L的壳寡糖溶液并进行逆境处理,定期采集叶片样本,测定抗逆生理指标。结果表明:施加壳寡糖浓度为25和50 mg/L时,低温下水稻的相对电导率较低,恢复正常条件24 h叶片相对电导率显著下降,恢复72 h幼苗茎高分别增加19.85%和24.40%,主根长分别提高49.50%和42.30%;恢复24 h,50 mg/L处理组叶片MDA含量显著下降。测定相对电导率结果表明,干旱和盐胁迫对水稻幼苗影响较大,12.5、25、50和25 mg/L处理组可降低干旱胁迫对水稻叶片的伤害,而25和50 mg/L浓度能缓解盐胁迫对水稻生长的不良影响。壳寡糖可提高水稻幼苗抗逆性并促进作物生长。
2021年01期 v.38;No.219 77-80页 [查看摘要][在线阅读][下载 2297K] [下载次数：25 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：13 ] - 张超奇;徐元江;权红;郑维列;兰小中;
利用第四次全国中药资源普查试点之西藏自治区中(藏)药资源普查获得的第一手资料,对采集到的植物标本进行分类学鉴定,并查阅相关工具书。结果表明:伞形科的亮蛇床(Selinum cryptotaenium de Boiss.)和高山囊瓣芹(Pternopetalum subalpinum Hand.-Mazz.)均为西藏自治区新记录植物。旨在摸清西藏自治区植物资源分布情况,丰富西藏的物种多样性。
2021年01期 v.38;No.219 81-82页 [查看摘要][在线阅读][下载 1462K] [下载次数：79 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：5 ] - 陈铭;林志华;徐娴;何琳;
比较缢蛏在5种盐度(盐度5、15、20、25和35)的水体中胁迫不同时间(4、8、12、24、48、72和96 h)后,血液中Na~+、K~+和Cl~-浓度变化以及碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CA)基因mRNA表达变化。结果显示:随盐度升高,Na~+、K~+和Cl~-浓度呈上升趋势。随时间推移,低盐组Na~+、K~+和Cl~-浓度呈先下降、后稳定的变化趋势;高盐组Na~+、K~+和Cl~-浓度呈先上升、后稳定的变化趋势。qPCR结果显示,CA基因在各个组织中均有表达,鳃中表达量最高。盐度胁迫后各个实验组的CA基因mRNA表达水平随着时间的推移均呈先上升后下降,最后趋于平稳的状态,并在24 h达到峰值。盐度5与盐度35实验组的CA mRNA表达水平比盐度15与盐度25实验组的变化趋势更为明显。实验结果表明缢蛏在盐度胁迫下血液Na~+、K~+和Cl~-浓度及CA基因mRNA表达量均发生变化,迅速调节体内外离子浓度来维持渗透压的平衡。实验研究了离子浓度以及CA基因在缢蛏急性盐度胁迫过程中的作用,为缢蛏在适应盐度环境变化的分子生理机制提供基础资料。
2021年01期 v.38;No.219 83-87页 [查看摘要][在线阅读][下载 1652K] [下载次数：6 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ]